Die dunkle Königin entführt zwei des Battletoads, des Hautausschlags und des Pimple. Sie übernehmen die Rolle von Zitz, das dritte Battletoad, und sie ist bis zu Ihnen, zum Ihrer Freunde von der Königin zu speichern. Um Ihre Freunde zu retten müssen Sie zum Planeten Armagedda reisen, in dem Sie durch Sümpfe, Höhlen und den Bauch des schlechten Wurm kämpfen müssen.